Neon Genesis Evangelion की कहानी साल 2015 में चलती है, Second Impact नाम की एक विश्वव्यापी तबाही के पंद्रह साल बाद। 14 साल के Shinji Ikari को उसके पिता Tokyo-3 नाम के किलेबंद शहर में बुलाते हैं। पिता से उसका सालों से कोई रिश्ता नहीं रहा, और वे NERV नाम की एक गुप्त संस्था के प्रमुख हैं। Angels नाम के विशाल जीव हमला कर रहे हैं, और उन्हें सिर्फ़ NERV की Evangelion units रोक सकती हैं, जो किशोर pilots के तंत्रिका तंत्र से जुड़ी बड़ी मशीनें हैं। किरदार तीन घेरों में बँटे हैं: युवा Eva pilots, NERV मुख्यालय में उन्हें निर्देश और सहारा देने वाले बड़े लोग, और class 2-A में Shinji के सहपाठी। इस पेज पर 17 किरदार हैं, जिनमें Mari भी है, जो सिर्फ़ Rebuild फ़िल्मों में आती है। हर विवरण कहानी की शुरुआत तक सीमित है, कोई spoiler नहीं।
Rei Ayanami 綾波レイ
जापानी आवाज़: Megumi Hayashibara
Rei Ayanami First Child है और Evangelion Unit-00 की pilot है। वह बहुत कम बोलती है, लगभग कोई भावना नहीं दिखाती और बिना शिकायत आदेश मानती है, इसलिए Shinji और बाक़ी सहपाठियों के लिए वह एक पहेली है। NERV में वह किसी और से ज़्यादा commander Gendo Ikari के क़रीब लगती है। जापानी आवाज़: Megumi Hayashibara.
Asuka Langley Soryu 惣流・アスカ・ラングレー
जापानी आवाज़: Yūko Miyamura
Asuka Langley Soryu Second Child है और Evangelion Unit-02 की pilot है। वह तेज़-तर्रार, बहादुर और ज़ोर से बोलने वाली है, अपनी काबिलियत पर गर्व करती है और नए लोगों पर, Shinji समेत, तुरंत हुक्म चलाने लगती है। उसके लिए pilot बनना एक मुक़ाबला है जिसे जीतना ज़रूरी है। Rebuild फ़िल्मों में इस किरदार का नाम Asuka Shikinami Langley है। जापानी आवाज़: Yūko Miyamura.
Misato Katsuragi 葛城ミサト
जापानी आवाज़: Kotono Mitsuishi
Misato Katsuragi NERV के Operations Department में captain है और लड़ाई में Evas को निर्देश देती है। Shinji के आने पर वह उसे अपने घर ले जाती है और उसकी अभिभावक बन जाती है। घर पर वह खुशमिज़ाज और बिंदास है, उसका flat बिखरा रहता है और fridge beer से भरा, पर ड्यूटी पर वह तेज़ और निर्णायक हो जाती है। जापानी आवाज़: Kotono Mitsuishi.
Gendo Ikari 碇ゲンドウ
जापानी आवाज़: Fumihiko Tachiki
Gendo Ikari NERV का सर्वोच्च commander और Shinji का पिता है। सालों की दूरी के बाद वह बेटे को Tokyo-3 बुलाता है, फिर उसे ज़्यादातर सिर्फ़ एक pilot की तरह देखता है। वह ठंडा, हिसाबी और समझ से परे है, अपनी योजनाएँ अपने तक रखता है और शायद ही कभी किसी आदेश की वजह बताता है। जापानी आवाज़: Fumihiko Tachiki.
Kaworu Nagisa 渚カヲル
जापानी आवाज़: Akira Ishida
Kaworu Nagisa TV सीरीज़ के आख़िरी हिस्से में कहानी में आता है, जब NERV उसे Fifth Child के रूप में लाता है। वह शांत, कोमल और असामान्य रूप से खुले दिल का है, और पहली मुलाक़ात से ही Shinji से दोस्ती और अपनापन दिखाता है, जो लोगों से दूरी रखने के आदी Shinji को हैरान कर देता है। वह franchise के सबसे चर्चित किरदारों में से एक है। जापानी आवाज़: Akira Ishida.
Mari Illustrious Makinami 真希波・マリ・イラストリアス
जापानी आवाज़: Maaya Sakamoto
Mari Illustrious Makinami TV सीरीज़ में नहीं है; उसे Rebuild of Evangelion फ़िल्मों के लिए बनाया गया और वह Evangelion: 2.0 You Can (Not) Advance में पहली बार आती है। वह NERV की European branch की pilot है, खुशमिज़ाज और लड़ाई का खुलकर मज़ा लेने वाली। एक छोटे से दृश्य से शुरू होकर वह फ़िल्मों की मुख्य किरदारों में से एक बन जाती है। जापानी आवाज़: Maaya Sakamoto.
Ritsuko Akagi 赤木リツコ
जापानी आवाज़: Yuriko Yamaguchi
Ritsuko Akagi NERV के technology department की प्रमुख है और वही वैज्ञानिक है जिसने Evangelion units और उन्हें चलाने वाले systems विकसित किए। वह तर्कशील, अनुशासित और संकोची है; विज्ञान समझाती है पर अपनी भावनाएँ दूर रखती है। वह Misato की पुरानी दोस्त है, और दोनों अक्सर रणनीति पर बहस करती हैं। जापानी आवाज़: Yuriko Yamaguchi.
Ryoji Kaji 加持リョウジ
जापानी आवाज़: Kōichi Yamadera
Ryoji Kaji NERV के special investigations department में काम करता है। बेफ़िक्र, flirt करने वाला और हमेशा ऐसा लगता है जैसे जितना कहता है उससे ज़्यादा जानता हो। वह NERV की अलग-अलग शाखाओं के बीच घूमता रहता है और वहाँ पहुँच जाता है जहाँ किसी को उम्मीद नहीं होती। Misato से उसका पुराना रिश्ता है, और Asuka उसे बहुत पसंद करती है। जापानी आवाज़: Kōichi Yamadera.
Kozo Fuyutsuki 冬月コウゾウ
जापानी आवाज़: Motomu Kiyokawa
Kozo Fuyutsuki NERV का deputy commander है और command deck पर लगभग हमेशा Gendo Ikari के बगल में खड़ा रहता है। वह शांत और संतुलित है, हमले के दौरान भी शायद ही घबराता है और अपने बॉस से ज़्यादा इंसानियत से staff के साथ पेश आता है। वह उन गिने-चुने लोगों में है जिन पर Gendo भरोसा करता दिखता है। जापानी आवाज़: Motomu Kiyokawa.
Toji Suzuhara 鈴原トウジ
जापानी आवाज़: Tomokazu Seki
Toji Suzuhara class 2-A में Shinji का सहपाठी है। वह दबंग लड़के की तरह बोलता और बर्ताव करता है और पहली मुलाक़ात में Shinji से खुलकर दुश्मनी दिखाता है, पर अंदर से ईमानदार और दयालु है। Kensuke उसका सबसे अच्छा दोस्त है, और दोनों स्कूल में Shinji के पहले दोस्त बनते हैं। जापानी आवाज़: Tomokazu Seki.
Kensuke Aida 相田ケンスケ
जापानी आवाज़: Tetsuya Iwanaga
Kensuke Aida class 2-A में Shinji और Toji का सहपाठी है। उसे सेना से जुड़ी हर चीज़ का शौक़ है, वह video camera लेकर घूमता है, survival games खेलता है और Evas से जुड़ी किसी भी बात पर उत्साहित हो जाता है। वह तेज़ बोलता है, बहस करना पसंद करता है और स्कूल के दृश्यों में हल्का-फुल्का, nerdy माहौल लाता है। जापानी आवाज़: Tetsuya Iwanaga.
Hikari Horaki 洞木ヒカリ
जापानी आवाज़: Junko Iwao
Hikari Horaki class 2-A की class representative है। वह सख़्त और नियमों की पक्की है, और लड़कों को, ख़ासकर Toji को, हमेशा ठीक से रहने को कहती रहती है, पर अपने आसपास के लोगों की बहुत परवाह करती है। स्कूल में उसकी Asuka से दोस्ती हो जाती है। उसकी मौजूदगी स्कूल वाले हिस्सों को रोज़मर्रा की ज़िंदगी से जोड़े रखती है। जापानी आवाज़: Junko Iwao.
Maya Ibuki 伊吹マヤ
जापानी आवाज़: Miki Nagasawa
Maya Ibuki NERV के command bridge पर technical operator है और सीधे Ritsuko के साथ काम करती है, जिनकी वह बहुत इज़्ज़त करती है। वह मेहनती और अपने काम में बेहद कुशल है, पर आदर्शवादी भी है और NERV के काम के कठोर पहलुओं से जल्दी परेशान हो जाती है। लड़ाई के दौरान वह pilots के synchronisation और Evas के systems पर नज़र रखती है। जापानी आवाज़: Miki Nagasawa.
Makoto Hyuga 日向マコト
जापानी आवाज़: Hiro Yūki
Makoto Hyuga NERV के command bridge के तीन operators में से एक है। वह मिलनसार, दयालु और साफ़ बोलने वाला है, operations में Misato के साथ मिलकर काम करता है और साफ़ दिखता है कि उसे Misato पसंद है। Angels के हमलों के बीच वह लड़ाई का data आगे पहुँचाता है और captain के आदेश लागू करता है। जापानी आवाज़: Hiro Yūki.
Shigeru Aoba 青葉シゲル
जापानी आवाज़: Takehito Koyasu
Shigeru Aoba NERV के command bridge पर Maya और Makoto के साथ technical operator है। वह शांत, गंभीर और पेशेवर है, अपनी भावनाओं को काम से दूर रखता है और हमलों के दौरान communications और detection सँभालता है। ड्यूटी के बाहर वह guitar संगीत के शौक़ के लिए जाना जाता है। जापानी आवाज़: Takehito Koyasu.
Pen Pen ペンペン
जापानी आवाज़: Megumi Hayashibara
Pen Pen, Misato का पालतू penguin है और Shinji का अनोखा roommate भी। वह असामान्य रूप से समझदार है, Misato के apartment में अपने अलग fridge में रहता है, नहाता है, अख़बार पढ़ता है और ज़्यादातर अपना ख़याल खुद रखता है। घर वाले दृश्यों में वह हल्की-फुल्की कॉमेडी लाता है। उसकी आवाज़ें Megumi Hayashibara देती हैं, जो Rei की आवाज़ भी हैं।