Made in Abyss की कहानी Orth नाम के शहर में है, जो Abyss के चारों ओर बसा है। Abyss एक विशाल और लगभग अनजाना गड्ढा है, जिसमें अजीब जीव और प्राचीन अवशेष भरे हैं। इसमें उतरने वाले खोजियों का दर्जा उनकी सीटी (whistle) के रंग से तय होता है, और White Whistle सबसे ऊँचा दर्जा है। कहानी Riko की है, एक अनाथ लड़की जो अपनी लापता माँ की तरह White Whistle बनना चाहती है, और Reg की, एक robot लड़का जो उसे गड्ढे में मिलता है। दोनों परत-दर-परत नीचे उतरते हैं और गहराइयों के खोजियों, रखवालों और निवासियों से मिलते हैं। इस पेज पर 12 किरदार हैं, यात्रा करने वाले दल से लेकर दोनों सीज़न में मिलने वाले लोगों तक। हर परिचय किरदार के पहली बार आने के हिसाब से लिखा है, आगे की घटनाओं के spoilers के बिना। ध्यान रहे कि प्यारी drawing के बावजूद इस series में तीव्र और कभी-कभी विचलित करने वाले दृश्य हैं।
मुख्य किरदार
Riko リコ
जापानी आवाज़: Miyu Tomita
Riko 12 साल की अनाथ लड़की है और Orth के Belchero Orphanage में खोजी बनने की ट्रेनिंग ले रही है। उसकी माँ Lyza एक मशहूर White Whistle है जो Abyss में गायब हो गई, और उसके पीछे तल तक पहुँचने की Riko की चाह ही पूरी कहानी को आगे बढ़ाती है। वह जिज्ञासु, जोशीली और ज़िद्दी है, अवशेषों से प्यार करती है, Abyss के बारे में बहुत जानती है और कभी-कभी अपनी कुछ खोजें छिपा भी लेती है। जापानी आवाज़: Miyu Tomita.
Reg レグ
जापानी आवाज़: Mariya Ise
Reg एक robot है जो छोटे लड़के जैसा दिखता है और अपनी याददाश्त खो चुका है। Riko उसे Abyss में बेहोश पाती है और orphanage ले आती है, जहाँ उसे एक नए बच्चे के रूप में रख लिया जाता है। वह इंसानों की तरह भावनाएँ महसूस करता है, उसके हाथ लंबे हो सकते हैं और वह अपनी बाँह से एक ताक़तवर किरण छोड़ सकता है, जिसे Riko Incinerator कहती है। रक्षा करने वाला और कभी-कभी झेंपू, वह Riko के साथ नीचे उतरता है। जापानी आवाज़: Mariya Ise.
प्रमुख किरदार
Nanachi ナナチ
जापानी आवाज़: Shiori Izawa
Nanachi एक Hollow है, यानी ऐसा इंसान जिसे Abyss ने खरगोश जैसे रूप में बदल दिया है। वह चौथी परत पर एक छिपे ठिकाने में रहता है। चालाक और दूसरों से सावधान, उसने ख़ुद प्राचीन लिपि पढ़ना सीखा और गहराइयों में ज़िंदा रहने के बारे में बहुत कुछ जानता है। एक मुश्किल घड़ी में Riko और Reg की मदद करने के बाद वह उनकी यात्रा में शामिल हो जाता है। लेखक ने Nanachi का लिंग जानबूझकर अस्पष्ट रखा है। जापानी आवाज़: Shiori Izawa.
Faputa ファプタ
जापानी आवाज़: Misaki Kuno
Faputa को Hollows की राजकुमारी कहा जाता है, और वह दूसरे सीज़न में Abyss की छठी परत पर मिलती है। वह उग्र, स्वाभिमानी और बहुत शक्तिशाली है, और उसकी कहानी Reg के उस अतीत से जुड़ी है जो Reg को याद नहीं। उसकी अहमियत सीज़न के दौरान धीरे-धीरे खुलती है, इसलिए यह परिचय छोटा रखा गया है। जापानी आवाज़: Misaki Kuno.
गुरु
Ozen オーゼン
जापानी आवाज़: Sayaka Ohara
Ozen, जिसे Immovable कहा जाता है, एक White Whistle है जो Abyss की दूसरी परत पर Seeker Camp चलाती है। लंबी, मुँहफट और डराने वाली, उसने अपनी ज़्यादातर ज़िंदगी गड्ढे में ही बिताई है। वह कभी Lyza की गुरु थी, इसलिए Riko से उसकी मुलाक़ात तनाव भरी और अहम है। अपने सख़्त रवैये के पीछे वह Riko और Reg को एक कठिन सबक़ देती है, ताकि वे गहराइयों के लिए तैयार हो सकें। जापानी आवाज़: Sayaka Ohara.
सहायक किरदार
Marulk マルルク
जापानी आवाज़: Aki Toyosaki
Marulk एक Blue Whistle है और Seeker Camp में Ozen का छोटा शिष्य है। नरम और शिष्ट, वह नीली maid जैसी पोशाक पहनता है और camp में रुकने के दौरान जल्दी ही Riko और Reg का दोस्त बन जाता है। वह camp के रोज़मर्रा के काम सँभालता है और नीचे उतरते समय यात्रियों को मिलने वाले सबसे दयालु चेहरों में से एक है। जापानी आवाज़: Aki Toyosaki.
Lyza ライザ
जापानी आवाज़: Maaya Sakamoto
Lyza, जिसे Annihilator कहा जाता है, Riko की माँ है और Orth की सबसे मशहूर White Whistles में से एक है। वह Ozen की शिष्या रह चुकी है और Abyss में एक उतराई के दौरान लापता हो गई, Riko को orphanage में छोड़कर। वह ज़्यादातर यादों और दूसरों की सुनाई कहानियों में ही दिखती है, फिर भी उसकी कथा Riko के लक्ष्यों और Riko से मिलने वाले लोगों को आकार देती है। जापानी आवाज़: Maaya Sakamoto.
Mitty ミーティ
जापानी आवाज़: Eri Kitamura
Mitty एक जीव है जो चौथी परत के ठिकाने में Nanachi के साथ रहता है। Mitty बोल नहीं सकता और कुछ-कुछ पालतू जानवर की तरह बर्ताव करता है, हमेशा Nanachi के पास रहता है, जो उसकी बहुत परवाह करता है। इन दोनों की कहानी पहले सीज़न के सबसे भावुक हिस्सों में से है, और इससे समझ आता है कि Nanachi अजनबियों से इतना सतर्क क्यों है। जापानी आवाज़: Eri Kitamura.
Prushka プルシュカ
जापानी आवाज़: Inori Minase
Prushka, Bondrewd की गोद ली हुई बेटी है, जिसने अपनी पूरी ज़िंदगी पाँचवीं परत पर Ido Front में बिताई है। होशियार और प्यारी, वह Bondrewd को Papa कहती है और base से बाहर रोमांच के सपने देखती है। Riko और Reg के आने पर वह जल्दी उनकी दोस्त बन जाती है, ख़ासकर Riko की, और नए दोस्तों के साथ Abyss खोजने का सपना देखती है। वह फ़िल्म Dawn of the Deep Soul में आती है। जापानी आवाज़: Inori Minase.
Vueko ヴエコ
जापानी आवाज़: Yuka Terasaki
Vueko, जिसका पूरा नाम Vueloeluko है, एक युवती है जो दूसरे सीज़न के flashbacks में Ganja अभियान में शामिल होती है। उसे Vueko कहलाना पसंद है। सीज़न उसके अनुभवों को दिखाता है जब Ganja दल Golden City की तलाश में Abyss में उतरता है, और उसकी यादें उस जगह को समझने में मदद करती हैं जहाँ Riko और Reg छठी परत पर पहुँचते हैं। जापानी आवाज़: Yuka Terasaki.
Wazukyan ワズキャン
जापानी आवाज़: Hiroaki Hirata
Wazukyan, Ganja बेड़े का captain है, यानी खोजियों का वह दल जो दूसरे सीज़न के flashbacks में Golden City ढूँढने निकलता है। करिश्माई और हिसाबी, वह दल को Abyss में ले जाता है और ख़तरनाक इलाक़ों में आगे बढ़ाता रहता है। उसके फ़ैसले बहुत हद तक तय करते हैं कि बाद में Riko और Reg छठी परत पर क्या पाते हैं। जापानी आवाज़: Hiroaki Hirata.
खलनायक
Bondrewd ボンドルド
जापानी आवाज़: Toshiyuki Morikawa
Bondrewd एक White Whistle है जिसकी साख परेशान करने वाली है। वह Abyss की पाँचवीं परत पर Ido Front नाम का research base चलाता है। वह पूरा चेहरा ढकने वाला helmet पहनता है, शांत लहजे में बोलता है और किसी भी क़ीमत पर Abyss का अध्ययन करने में लगा रहता है। उसके तरीक़े उसे Nanachi, Riko और Reg के सीधे ख़िलाफ़ खड़ा करते हैं, और वह फ़िल्म Dawn of the Deep Soul का मुख्य खलनायक है। जापानी आवाज़: Toshiyuki Morikawa.